Ein oft genannter Grund gegen den Ausbau der Windenergienutzung ist der Schutz bestimmter Vogelarten. Artenschutz und Windenergie sind aus ökologischer Sicht wichtige Themen, die sich keinesfalls widersprechen müssen. Selbst anerkannte Naturschutzverbände halten die Ablehnung von Windenergieprojekten auf Grund des Artenschutzes in vielen nachgewiesenen Fällen für vorgeschoben.

In die Genehmigung eines Windparks fließen längst sämtliche Artenschutzbelange ein; ornithologische Gutachten sowie weitere wichtige Prüfungsverfahren im Rahmen des Naturschutzes gehören dabei zum absoluten Standard. Somit wird gewährleistet, dass ausreichende Abstände zu artenschutzrelevanten Gebieten konsequent eingehalten werden.

Langjährige Studien zum Thema Windenergie und Artenschutz kommen zu dem Ergebnis, dass Vogelschlag und Meideverhalten sehr viel geringer ausfallen als gemeinhin angenommen. Zudem ist es im Interesse des Artenschutzes, wenn Kohlenstoffdioxid-Emissionen vermieden werden und so dem drohenden und menschlich verursachten Klimawandel entgegnet wird.

Besonders in Mittelthüringen wird oftmals der Schutz des Rotmilans (Milvus milvus) bei der Ablehnung von Vorranggebieten für die Windenergienutzung genannt. Zwar ist es richtig, dass der Rotmilan im Vergleich zu anderen Vogelarten überdurchschnittlich empfindlich auf Windenergieanlagen reagiert, aber von einer Gefahr für den Bestand des Rotmilans durch Windenergieanlagen kann laut Bundesumweltministerium „in keinem Fall die Rede sein“. Der geforderte Mindestabstand von Windenergieanlagen zu Rotmilanhorten und -brutgebieten beträgt mindestens einen Kilometer. Diese Anforderung wird durch alle Windenergieanlagen großzügig eingehalten.